收集糞便后，將進行堆肥發酵。這里有一些方法。李友健說，首先，水和C/N比應通過添加含有高碳和低水分的輔助材料來調整到適當的比例。然后，根據養豬場的規模和場地選擇發酵方法。完整的堆肥發酵包括三個階段：加熱期、高溫期和冷卻期和成熟期。一般來說，在養豬場的簡單條件下，主要是在高溫期，通過好氧發酵殺死蟲卵，達到無害的目的。有氧發酵需要不斷地堆放。有條件的養豬場可以使用通風設備。這個過程通常需要20天。

陳化時間可以長也可以短。在此期間，它每周堆放一次。然而，有機肥料有生命。李有建說，陳化時間不能太長，微生物會消耗營養。

如果生產商業化有機肥，還需要調整營養物質和水分，以達到行業標準。據了解，目前實施的農業標準NY525-2012要求總營養含量（N+P2O5+K2O）≥5%；H2O≤30%。王德漢說，如果僅僅使用豬糞作為原料很難達到標準，通常需要添加一些額外的原材料和輔助材料，如木炭灰。或在發酵后添加不同比例的氮、磷和鉀混合物。據了解，功能細菌也可以繼續發酵，制成各種功能性有機肥料。

對于小型養豬場，一定面積的糞池可以堆肥。小型養豬場也有小型發酵設備，但成本相對較高，一般不建議使用。大型養豬場需要更大的生產有機肥料的場地和設備。

堆垛肥是一種常見的方法，將原材料堆放成堆垛，并將通風管道埋在地下進行間歇性鼓風機和氧氣供應，每天一次。目前，發酵場地面積3200平方米，倉庫面積1000平方米，堆肥線路12條，設計年產量10000噸有機肥。基礎設施建設，加上堆垛機、破碎、分篩、包裝設備、卡車和叉車，總投資超過500萬噸。他告訴記者，生產1000噸有機肥需要2000噸左右的原料堆肥。除去5000噸輔助材料，處理大約15000噸豬糞和尿液。據估計，每日處理量約為55噸。

在條垛堆肥的基礎上，開發出槽堆肥，自動化程度較高。從槽的一端進料后，翻轉機器每天向前移動3-4米。20天后，發酵有機肥料從另一端排出。有機肥料設備槽的深度和寬度應根據翻轉機型號進行設計。多個凹槽可以共用一臺翻轉機。以每天10-20噸的加工量為例，簡易棚加一臺翻轉機的總價格約為50-60萬元。