配置一條年產五千噸的小型有機肥生產線需要考慮以下關鍵環節和設備：

1、原料處理設備：

粉碎機：用于將大塊的植物秸稈、樹葉等物料粉碎成適合堆肥的細碎物。

攪拌機：將不同種類的原料均勻混合，以確保最終有機肥的養分均衡性。

2、堆肥發酵設備：

堆肥翻堆機：用于翻動堆肥堆，促進通氣和混合，加速有機物的分解。

3、加工和成品處理設備：

粉碎篩選機：將發酵完成的有機物料進行再次粉碎和篩選，確保產品的均勻性和細膩度。

包裝機：將成品有機肥料進行自動或半自動包裝，以便于銷售和運輸。

4、環保設備：

除臭設備：處理發酵過程中產生的臭氣，保證生產環境的清潔和無異味。

污水處理設備：處理生產過程中的廢水，達到環保排放標準。

5、控制系統：

自動化控制系統：監控和控制整個生產線的運行，確保各個環節的協調和效率。

6、輔助設施：

倉儲設施：存放原料和成品有機肥料。

辦公室和生產管理設施：用于管理生產和銷售。

這些設備和設施的配置需要根據具體的生產需求和技術要求進行細化和調整。同時，還需考慮到生產線的布局設計、能源消耗、人員安全和生產效率等方面，以確保生產線的穩定運行和產出質量。